Cảng trung chuyển quốc tế đầu tiên tại Việt Nam đã chính thức được khởi công tại Vịnh Vân Phong, nơi được coi là duy nhất ở Việt Nam có thể xây dựng cảng trung chuyển quốc tế do hội tụ các điều kiện lý tưởng như: vịnh kín gió, nước sâu, rộng, vị trí đắc địa. Việc xây dựng cảng Vân Phong đánh dấu sự tham gia của Việt Nam vào việc điều phối, trung chuyển hàng hóa trong khu vực và thế giới, cạnh tranh với các cảng trong khu vực như Singapore, Malaysia[6].

Toàn bộ dự án Cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong được chia làm 4 giai đoạn:[7]

• Giai đoạn khởi động (đã bắt đầu từ 31/10/2009),gồm khu bến cảng, luồng tàu và vũng quay trở, đường giao thông ngoài cảng, trong đó khu bến cảng gồm hai bến với tổng chiều dài bến 690m, diện tích cảng 41,5ha, có khả năng tiếp nhận tàu container sức chở tới 9.000 TEU, đáp ứng lượng hàng thông qua 0,71 triệu TEU/năm, dự kiến hoàn thành vào năm 2013.
• Giai đoạn 1 (2010 - 2015),sẽ xây dựng tại bờ Đông vũng Đầm Môn (Cổ Cò) và về phía bắc Hòn Ông 4 bến cho tàu container sức chở đến 9.000 TEU và 5 bến cho tàu feeder. Tổng diện tích toàn cảng là 118 - 125ha, tổng chiều dài bến 1.680-2.260m, đáp ứng lượng hàng thông qua 1,05 - 2,1 triệu TEU/năm.
• Giai đoạn 2 (đến năm 2020), sẽ xây dựng tại phía Bắc vũng Đầm Môn 8 bến cho tàu container sức chở đến 12.000 TEU và 8 bến cho tàu feeder. Tổng diện tích toàn cảng 405ha, tổng chiều dài 4.450 - 5.710m, đáp ứng lượng hàng thông qua 4 - 4,5 triệu TEU/năm.
• Giai đoạn tiềm năng, khả năng thông qua toàn cảng vào khoảng 14,5-17 triệu TEU/năm. Cảng được xây dựng hoàn chỉnh trong vũng Đầm Môn, gồm 25 bến cho tàu container sức chở đến 15.000 TEU và 12 bến cho tàu feeder. Tổng diện tích toàn cảng 750ha, tổng chiều dài bến 11.880 - 12.590m.

Như vậy đến năm 2020, khi toàn bộ dự án cảng container quốc tế này hoàn thành và đi vào hoạt động, cảng Vân Phong có thể tiếp nhận được những con tàu container thế hệ PS-class như Emma Maersk (đang là tàu container lớn nhất thế giới hiện nay), thậm chí cả những con tàu lớn hơn trong tương lai. Cảng sẽ đáp ứng lượng hàng thông qua 4,5 triệu TEU/năm, với 8 bến cho tàu container sức trở đến 12.000 TEU và 8 bến cho tàu feeder. Tổng diện tích toàn cảng 405 ha, tổng chiều dài bến 5.710 m. Cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong đi vào hoạt động không chỉ tạo bước đột phá cho phát triển cảng biển Việt Nam mà còn là động lực quan trọng góp phần thúc đẩy kinh tế - xã hội cả khu vục miền Trung phát triển nhanh, từng bước hiện thực hoá chiến lược biển Việt Nam.